становити окрему частину Архиву, що мала складатись з поодиноких томів, з котрих кожний звичайно був окремим цїлим. Перший том Архиву по такій проґрамі вийшов 1859 р. — акти про Унїю редакциї Іванїшова. Сей плян в основі своїй заховано й досї в видавництві комісиї; „Архивъ Ю.-З. Россіи“ став головним орґаном її, сюди навіть заведено було й деякі лїтературні материяли як полємічні писання (т. 6, 8 і 9 1-ої частини). Досї вийшло 22 томи Архиву і 9 ще друкуєть ся. Поза Архивом комісия з того часу видала не так багато: розправу Іванїшова, про копні суди (О древнихъ сельскихъ общинахъ) з додатком кількох документів XVI–XVII. в. 1863 р.), лїтопись Самовидця з додатком лїтописи м. Хмельника (1878), Збірник лїтописий до істориї південної й західної Руси, зібр. Антонович (т. зв. Лизогубівска лїтопись, витяги з хронїки Юзефовича, кілька дрібних лїтописий — київска 7, межигорска, добромильска і т. п.) — 1888, 1) Збірник материялів (з лїтописий, мемуарів і актів) до історичн. топоґрафії Києва (для київского археольоґічного з'їзду) — 1874; два великі покажчики імен особистих і ґеоґрафічних до видань комісиї (1878 і 1883 р.), плян Києва 1695 р. і історичну ювилейну записку (1893).
Новий плян комісиї безперечно мав багато користного: ґрупованнє материялу в окремі томи по специяльним справам примушувало, не задоволяючись збираннєм того, що саме під руку йшло, до глибших розвідок, часом дуже трудних, по різних віддїлах центрального Архиву й чужих архивах, і в результатї давало ся більше менче доволї материялу для вияснення поставленої справи. Заведені розправи, без котрих не видавали ся материяли, не зоставляли справи in crudo, а подавали громадї ґрунтовні моноґрафії на основі сучасного материялу, au courant сучасної науки. Через се видавництва комісиї мали більш ваги, анїж якого инчого видання джерел в Росиї (потім сю систему видавництва бачимо й у варшавского видавництва Zródła dziejowe). Але були тут і деякі сторони шкодливі — як материял ґрупував ся тільки під поставлену з гори справу чи питання, то питання, не заведені в сю проґраму, зоставали ся майже без відповіди. Як усталила ся практика, що кожний том (до того розміру досить великого, бо звичайно томи виходили аркушів 40–60, і тільки останнїми часами редакция хоче зменчити томи до 25–30 арк.) містить в собі тілько документи до одної справи чи питання, то тільки ті питання звичайно і входили сюди, до котрих співробітник комісиї мав так велику серию документів. Менчі сериї документів, поодинокі, хоч би дуже важні документи звичайно зоставали ся поза видавництвом, хіба проходили як небудь контрабандно