до 1918), імператора Йосипа ІІ у 80-х роках 18 ст., під час революції 1848– 1849, коли він перетворився на модерну вищу школу й державну установу.
У період апогею національного політичного руху Карлово-Фердинандовий університет у 1882 було поділено на два університети — чеський і німецький. На межі 19 і 20 ст. обидва університети досягли значних наукових успіхів: у німецькому, наприклад, працював проф. Альберт Ейнштейн, у чеському — проф. Томаш Масарик, який 1918 став першим президентом самостійної Чехословацької республіки. З 1883 тривалий час на медичному факультеті Празького університету викладав всесвітньо відомий український біохімік, гігієніст і епідеміолог проф. Іван Горбачевський, який у 1902–1903 був обраний ректором цього університету. У 1902 в К.у. продовжувала навчання українська студентська молодь (близько 30 чол.), яка на знак протесту проти заборони австрійськими властями заснувати український університет у Львові покинула батьківщину. Після утворення 1918 Чехословацької республіки в К.у. навчалися вже сотні студентів з Галичини, Закарпаття та інших українських земель, утворивши 1919 у Празі Українську академічну громаду. Восени 1921 в приміщеннях К.у. — Каролінумі, Клєментінумі та природописному інституті — розпочалися заняття для слухачів першого вищого навчального закладу і другої наукової установи української еміграції міжвоєнного періоду — Українського Вільного Університету, який за згодою чехословацької влади було переведено з Відня до Праги. Завдяки підтримці академічного сенату К.у. Український Вільний Університет розгорнув плідну культурно-освітню й наукову діяльність і проіснував у Празі до травня 1945 та відіграв виняткову роль у розвитку української культури, науки й громадської думки, підготувавши цілу плеяду відомих учених і справжніх патріотів України. Водначас чимало його професорів, зокрема такі відомі українські вчені, як С. Дністрянський, Д. Дорошенко, О. Колесса, І. Панькевич, О. Бурггардт, Я. Рудницький, у міжвоєнні роки викладали в К.у. Після окупації Чехословаччини гітлерівською Німеччиною, демонстрацій студентів К.у. та загибелі студента-медика Яна Оплетала в листопаді 1939 чеські високі школи були закриті, а студенти й викладчі університету зазнали переслідувань. Діяльність К.у. була відновлена після закінчення Другої світової війни. Встановлення в Чехословаччині комуністичного режиму в лютому 1948 тривалий період перешкоджало його вільному розвитку. Після придушення «празької весни» у 1968 репресіям було піддано чимало викладачів і студентів К.у. Саме масова студентська демонстрація в Празі 17 листопада 1989 проти тоталітарної системи поклала початок демонтажу комуністичного режиму в Чехословаччині.
Прийнятий у країні 1990 закон про вищі навчальні заклади відновив університетську автономію і свободу навчання й наукових досліджень. Нині К.у. складається із 17 факультетів (3 з них діють за межами Праги), на яких
