Станом на 2010 рік в інституті функціонують 13 відділів: історії України середніх віків та раннього нового часу; історії України XIX — початку XX ст.; історії української революції (1917–1921 рр.); історії України 20–30-х рр. XX ст.; історії України періоду Другої світової війни; новітньої історії та політики; історії України другої половини XX ст.; всесвітньої історії і міжнародних відносин; української історіографії; спеціальних галузей історичної науки та електронних інформаційних ресурсів; регіональних проблем історії України; науково-технічної інформації. З 1993 очолює Інститут історії України НАН України академік НАН України В. А. Смолій. Друкований орган інституту (від 1957) — «Український історичний журнал». Відділами установи публікуються тематичні збірники наукових праць. Від початку 1990-х років учені інституту регулярно проходять стажування у закордонних наукових центрах, беруть участь у міжнародних наукових конференціях, публікують свої праці у зарубіжних виданнях. При інституті діють аспірантура та докторантура, спеціалізована вчена рада із захисту кандидатських і докторських дисертацій.
Серед основних напрямів наукових досліджень інституту — історія України з часів Київської Русі до сьогодення, регіональна історія України, історичне краєзнавство, національна історіографія, спеціальні історичні дисципліни. Вагоме місце посідає тематика, пов'язана з вивченням актуальних проблем всесвітньої історії і міжнародних відносин, з'ясуванням місця й ролі України та українського народу у всесвітньо-історичному процесі.
Цим проблемам присвячено чимало студій учених інституту на сторінках «Українського історичного журналу», а також тематичних збірників наукових праць, які видаються відділами установи, зокрема «Україна в Центрально-Східній Європі», «Соціум: Альманах соціальної історії», «Проблеми вивчення історії української революції», «Ruthenica» тощо.
Головним осередком вивчення проблем історії окремих зарубіжних країн і народів, міжнародних зв'язків та зовнішньої політики України є відділ всесвітньої історії і міжнародних відносин, який має довгу, багату традиціями історію. Відділ фактично бере свій початок з 1950, коли у складі інституту діяли відділ історії країн народної демократії (зав. Ф. П. Шевченко) та відділ загальної історії і міжнародних відносин (зав. О. К. Касименко, 1952–1957 — О. Д. Война). 1963 ці два відділи були об'єднані в один — відділ нової й новітньої історії зарубіжних країн (зав. В. І. Клоков). 1965 відділ було розділено на відділ історії зарубіжних соціалістичних країн (зав. І. М. Мельникова) та відділ нової й новітньої історії (зав. В. І. Клоков).
У 1973 в інституті було створено сектор історії країн соціалістичної співдружності з відділом історії і міжнародних відносин соціалістичних країн, Ужгородським і Чернівецьким відділами інституту. 1985 у складі
