ЗС являла укріплену фортецю, в центрі якої були розташовані майдан із церквою. Навколо стояли курені (хати, де жили козаки), будинки старшини, канцелярія, зброярня та ін. Кількість козацького населення ЗС за різних часів становило від кількох сот до кількох тисяч. Частина козацтва і їхні сім'ї жили поза її межами у так званих зимівниках, займалися різними промислами, скотарством. Ці землі від другої половини 17 ст. називалися «Вольності Війська Запорозького».
Верховним органом влади ЗС була рада (або коло), у якій мали право брати участь усі без винятку козаки. До її повноважень входило вирішення (на основі голосування) усіх основних військово-адміністративних й політичних питань, обрання кошового отамана, старшини та ін. Проводилися також старшинські ради і ради куренів (так звана «чорна рада» від слова «чернь» — народ). З огляду на наявність виборної системи органів влади ЗС в історіографії дістала ймення «християнська козацька республіка».
Виконавча влада належала кошовому отаману — першій особі ЗС, який і репрезентував її у зносинах із зовнішнім світом
Основною військово-адміністративною і господарською одиницею ЗС був курінь, кожен з яких об'єднував козаків — вихідців із певних місцевостей. До вищої козацької старшини ЗС належали: військовий суддя (друга особа після кошового отамана), писар, осавул, обозний.
До 1649 ЗС офіційно підпорядковувалася польському уряду, потому — гетьману Війська Запорозького.
Вже у першій половині 17 ст. запорозьке козацтво вийшло на рівень кращих європейських армій. Запорозька піхота вважалася неперевершеною в Європі. Кіннота також вирізнялася високим рівнем військового мистецтва. Запорожці блискуче володіли технікою ведення морського бою і, на думку сучасників — французького посла у Стамбулі графа де Сезі (XVII ст.), таємного радника швецького короля та посла у Польщі Жака Русселя (XVII ст.) та багатьох інших, були справжніми володарями Чорного моря. Також запорожці вважалися майстрами сторожової і розвідувальної справи, будівництва земляних укріплень.
Майже постійно перебуваючи у стані війні (з незначними перервами у часі), запорозьке козацтво здійснило безліч військових операцій. Неодноразовими були походи на турецькі міста Стамбул, Синоп, Трапезунд (тепер м. Трабзон, Туреччина), Очаків і Кафу (нинішня Феодосія), татарський Гезлев (нині м. Євпаторія, Україна) тощо. Активність військових походів запорожців досягає апогею, починаючи від першої половини 17 ст. Упродовж 20–40-х рр. переважна більшість цих походів відбувалася у союзі з донським козацтвом. Разом із російською армією запорозьке козацтво брало участь у азовсько-дніпровських походах 1695–1696, Північній війні 1700–1721 та ін.
