У галузі реалізації спільної зовнішньої та оборонної політики ЄС наштовхується на проблеми, пов'язані з різницею національних інтересів країн-членів. Першим викликом спільній зовнішній політиці ЄС стали балканські проблеми. Внаслідок бомбардувань Югославії, у спробі сил НАТО на чолі з США вирішити косовську проблему (1999), загальновизнаною стала неспроможність ЄС до ведення самостійних військових операцій. Нестабільність на Балканах лишається серйозним викликом європейській безпеці. Символом кризи зовнішньополітичної ідентичності ЄС стала також ситуація навколо Іраку, коли США створили «коаліцію бажаючих» з метою повалення режиму Саддама Хусейна. ЄС у питанні безумовної підтримки американського курсу фактично розколовся на «нову» Європу, яка на чолі з Великою Британією та Польщею підтримала іракську політику США, та «стару» Європу, яка на чолі з Францією та ФРН наголошувала на нелегітимності суто військового вирішення іракської проблеми. У 2004 у процесі реалізації спільної зовнішньої політики ЄС намітились зрушення. Було створено Європейське агентство з питань озброєнь, формується Європейський корпус, покликаний виконувати миротворчі функції по всьому світу.
На межі XXІ ст. ЄС стає одним із найважливіших полюсів сили в новітній системі міжнародних відносин. Але прагнення створення Сполучених Штатів Європи демонструють на сучасному етапі лише країни «ядра» ЄС, як ФРН та Франція. Натомість Велика Британія, Італія та низка «нових» країн-членів ЄС, виступає за перетворення ЄС на економічну суперпотугу і проти виникнення європейської супердержави.
Символом пошуку нової європейської ідентичності на межі XXІ ст. стала проблема розвитку відносин ЄС з Україною. Політико-правові засади цього співробітництва були закладені угодою про партнерство та співробітництво між Україною та Європейськими Спільнотами (14 червня 1994), яка набула чинності 1 березня 1998. Її положення в 2004 були поширені на 10 нових країн-членів ЄС, а в 2009 ще на Болгарію та Румунію.
Євросоюз лишається найбільшим торговельним партнером, інвестором і донором України. В політичній сфері співробітництво здійснюється на рівні ради співробітництва Україна — ЄС. Регулярно відбуваються консультації у форматі Україна — «трійка» ЄС, яка складається, з країн, що головує в ЄС, що головувала в попередній термін та що буде головувати у найближчі півроку. Вподовж 1997-2004 відбулось вісім засідань ради співробітництва Україна — ЄС на найвищому рівні. Уряд України прийняв стратегію інтеграції до ЄС, розраховану до 2011. Проте ЄС, посилаючись на недостатність демократичних та ринкових реформ в Україні, виявляється неготовим визначити за найближчу мету співпраці досягнення Україною статусу асоційованого членства в ЄС.
