Поряд з цим упродовж періоду, що підлягає аудиту, МОН України ані фінансової, ані методичної участі не брало.
Кошти ще однієї бюджетної програми «Фундаментальні дослідження, прикладні наукові і науково-технічні розробки, виконання робіт за державними цільовими програмами і державним замовленням, підготовка наукових кадрів, фінансова підтримка розвитку наукової інфраструктури та наукових об'єктів, що становить національне надбання, забезпечення діяльності наукових бібліотек» Академія щороку розпорошує між 127 своїми установами та не здійснює належного контролю за їх використанням, що лише у період який підлягав аудиту призвело до неефективного використання 3,1 млн гривень.
За іншою бюджетною програмою «Підвищення кваліфікації з пріоритетних напрямів науки та підготовка до державної атестації наукових кадрів Національної академії наук України» асигнування розподілено між 4 академічними установами. Але, як засвідчило аудиторське дослідження, кошти і цієї бюджетної програми використано неефективно.
Наприклад, Відділення цільової підготовки Київського національного університету ім. Тараса Шевченка при НАН України (далі — ВЦП) упродовж періоду, що підлягає дослідженню, отримало від Академії кошти та спрямувало їх на заробітну плату науково-педагогічному персоналу Академії на суму 4,7 млн грн та на утримання апарату ВЦП на суму 2,7 млн грн. Поряд з цим матеріально-технічної бази та науково-педагогічних працівників (з постійним місцем роботи) для здійснення науково-освітньої діяльності у цьому закладі немає.
Навіть більше, науковці НАН України здійснювали підготовку студентів Київського національного університету ім. Тараса Шевченка, який не перебуває в системі Академії, за його освітніми програмами та затвердженим педагогічним навантаженням.
За відсутності відповідного рішення Кабінету Міністрів України Академія безпідставно сплатили членські внески до міжнародних наукових організацій понад 14,0 млн гривень.
Повноваження щодо представлення України у міжнародних наукових організаціях як національного члена і виконання відповідних членських обов'язків, зокрема фінансових, Академії делеговано Законом України «Про науку і науково-технічну діяльність» та Статутом НАН України.
Поряд з цим Академія, сплачуючи до 9 міжнародних наукових організацій внески без рішення Кабінету Міністрів України, вбачає, що представляє в них широку наукову спільноту, а не державу Україну.
Зазначені прорахунки, неефективне та незаконне використання бюджетних коштів та майна спричинене передусім недосконалою системою управління Академією, структурною одиницею якої є президія. Адже така система спрямована не на розвиток підвідомчих установ, підприємств, організацій, а на отримання додаткового заробітку керівництвом.
Зокрема, майже всі члени президії, які працюють на керівних посадах її апарата, одночасно працюють директорами наукових установ (закладів)
