Входження до Львова більшовицьких військ у вересні 1939 р., прилучення Галичини й Волині до Радянського Союзу внаслідок пакту Молотова-Ріббентропа приголомшило Н. Нижанківського. Він ще деякий час імітував видимість якоїсь діяльності: з співачкою М. Сабат-Свірською виступив протягом вересня-листопада в концертах з нагоди відкриття державного університету у Львові, в клубі письменників на вул. Коперника 42, по радіо з програмою старогалицьких пісень. Як багато інших галицьких митців, він відразу відчув потужний ідеологічний прес з боку влади, на що змушений був зреагувати написанням пісні “За мир” на слова В. Сосюри. Але пристосуватися до нових окупаційних умов, проти яких повставало усе його єство, не зміг. Користаючи із свого австрійського громадянства, подружжя Нижанківських звернулося до німецького емігрантського комітету, який діяв тоді у Львові, і 5 січня 1940 року покинуло рідну землю. Однак для Н. Нижанківського, який мав гіркий досвід емігрантського життя, для якого не існувало поняття свободи поза Україною, життя втратило сенс. Підкошений хворобою й душевним потрясінням організм не витримав навантажень: у таборі для переселенців у Лодзі тяжко захворів і помер у шпиталі 10 квітня 1940 р. Незадовго до смерті написав свій останній твір (безсумнівно, задля заробітку) — “Марш переселенців” для чоловічого хору а капела до німецьких слів невідомого автора (можливо М. Семаки-Нижанківської).[1]
Там же, в Лодзі, і був похований на цвинтарі на Долах. В останню дорогу провели Н. Нижанківського представники української громади: похорон провів отець прелат Л. Куницький, співав лодзінський хор ім. М. Лисенка.[2] Більше сорока років простояла на чужині могила з написом: “Україно, Україно, ось де твої діти”. І тільки в 1993 році з ініціативи сина композитора, співака Олега Нижанківського, і за підтримкою українського уряду останки композитора були перевезені на Україну й перезаховані в Стрию біля могили батька, О. Нижанківського. М. Семака-Нижанківська після смерті чоловіка виїхала з сином Олегом до Праги, де мешкала тоді її мати. Там, у Празькому помешканні був знищений підчас війни весь рукописний архів композитора.[3]
